گروه انديشه و علم: دوره آموزش تخصصی ويژه طلاب حوزه علميه كه 3 سال به‌طول می‌انجامد در بنياد فرهنگی حضرت مهدی(عج) برگزار می‌شود.

به گزارش خبرگزاری قرآنی ايران (ايكنا) شعبه مؤسسات قرآنی مردم‌نهاد، دانش‌پژوهان پس از قبولی در آزمون كتبی و مصاحبه علمی، طی مدت سه سال و گذراندن 60 واحد درسی تخصصی، 15 واحد عمومی، 18 واحد پيش نياز، 8 واحد مطالعاتی، 8 واحد گرايش و واحد پايان نامه در مقطع سطح 3 حوزه(كارشناسی ارشد) فارغ‌التحصيل می‌شوند. تا كنون بيش از 140 نفر پذيرش و 70 نفر، فارغ‌التحصيل شده‌اند.

برخی از عناوين آموزشی اين دوره شامل تاريخ تحليلی اسلام، امامت عامه و خاصه، مبانی اعتقادی مهدويت، مهدويت در قرآن، تاريخ عصر غيبت، مستشرقين و مهدويت، فرجام‌شناسی، فرقه‌ها و جريان‌های انحرافی، مهدويت و مسائل جديد كلامی، منجی در اديان، منبع شناسی، حديث‌شناسی، جهانی شدن و جهانی‌سازی، آسيب‌شناسی، شبهه‌شناسی و.... است.