Selon l'agence Anadolu, le Mufti Nedzad Grabus a dirigé la prière, à laquelle ont assisté des centaines de fidèles.
La mosquée a été ouverte lundi à Ljubljana, capitale, après avoir surmonté des obstacles financiers et une opposition de droite, 50 ans après la demande initiale de construction.
La communauté a finalement reçu l'autorisation il y a 15 ans, mais s'est heurtée à l'opposition de politiciens et de groupes de droite, ainsi qu'à des problèmes financiers.
La construction, qui a commencé en 2013, a coûté quelque 34 millions d'euros (39 millions de dollars), dont 28 millions d'euros de dons qataris, selon Grabus.