پس از آغاز جنگ تحمیلی شهر خرمشهر به دلیل نزدیک بودن به مرز شلمچه، یکی از اولین نقاطی بود که مورد حمله ارتش بعثی عراق قرار گرفت.خرمشهر پس از ۵۷۸ روز (۱۹ ماه) اشغال توسط ارتش بعثی عراق، در تاریخ۳ خرداد ۱۳۶۱ با حمله نیروهای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، ارتش جمهوری اسلامی ایران و نیروی مقاومت بسیج، طی چهار مرحله عملیات نظامی با عنوان عملیات بیت المقدس پس از محاصره خرمشهر، بازپس‌گیری شد.مسجد جامع خرمشهر یکی از تنها ساختمانهایی بود که در این شهر، پس از بازپس‌گیری به صورت نیمه سالم باقی مانده بود و همچنین چون این مسجد در زمان مقاومت [قبل از اشغال] مرکز فرماندهی و تدارکات و گردهمایی مدافعان شهر بود، لقب نماد مقاومت را به خود گرفت که در حال حاضر نیز بین بازماندگان جنگ و علاقمندان به تاریخ جنگ ایران و عراق به همین عنوان شناخته می‌شود.