دانشگاه مذاهب اسلامی هر چند پیش‌ از این در قالب واحدهای درسی و در کنار فلسفه اسلامی به عرفان اسلامی نیز می‌پرداخت و در مقطع کارشناسی، رشته فلسفه و عرفان اسلامی را پایه‌گذاری کرده بود، اما جای خالی مطالعات در زمینه عرفان اسلامی همچنان خالی بود.
این دانشگاه پس از طی مراحل علمی و روند قانونی، موفق به اخذ مجوز رشته عرفان اسلامی در مقطع کارشناسی ارشد از دفتر گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری شد.