موزه آستانه مقدسه حضرت معصومه (س) یکى از قدیمى ترین موزه‌ های کشور به شمار می‌رود که در آبان ماه سال ۱۳۱۴ شمسى در محوطه درب غربی حرم بنا شده است٬ آثار موجود در موزه قرآن‌ هاى خطى از قرن دوم تا دوره معاصر است که قدیمى‌ ترین قرآن موزه در سال ۱۹۸ هجرى قمرى نوشته شده و در آغاز آن نام مامون خلیفه عباسى مشهود است٬ مصاحف موزه عمدتاً به خط کوفى، ثلث، نسخ، محقق و ریحان است٬ بخش گنجینه قرآن های چاپی که در کتابخانه آستان قرار دارد٬ نسخه‌هایی متعلق به متولیان، متمولان،‌ حکمرانان ایالات و پادشاهان٬ افراد فرهیخته و فرهنگی ایران دارد که در دوره های مختلف وقف آستان شده است.