زمان بنای این ضریح در  تاریخ ذکر نشده است، اما شواهد نشان می‌دهد که این مسجد در سال 1940 به شکل کنونی درآمد و در سال 1969 در زمان جمال عبدالناصر، رئیس‌جمهور وقت مصر، زمانی که وزارت اوقاف تصمیم گرفت مساحت مسجد را افزایش دهد، بازسازی شد.

برخی مراجع تاریخی بر این باورند که علی پاشا، والی مصر، در سال 1547 و عبدالرحمن کتخدا (کدخدا) در سال 1768 مسجد را بازسازی کردند.

این مسجد شامل هفت راهروی موازی با قبله است که صحن مربعی پوشیده شده با گنبد در وسط آن و مقابل ضریح قرار دارد. در سمت شمال دو ورودی اصلی وجود دارد که با یک مستطیل از هم جدا می‌شوند.

حضرت زینب(س) نوه رسول خدا(ص) در سال ششم هجری به دنیا آمد. او دختر علی بن ابیطالب(ع) و فاطمه زهرا(س) و خواهر امام حسن(ع) و امام حسین(ع) و ام کلثوم است که که با عبدالله بن جعفر بن ابی طالب ازدواج کرد و صاحب شش پسر و یک دختر شد.

در مورد محل دفن حضرت زینب سه دیدگاه وجود دارد: براساس نظریه مشهور مدفن وی در شام و در جنوب شهر دمشق است. برخی از مورخین مقبره زینب(س) را در مصر دانسته‌اند که اکنون این محل در منطقه سیده زینب قاهره با عنوان مقام السیدة زینب مشهور است.

دیدگاه سومی نیز وجود دارد که قبرستان بقیع در مدینه را محل دفن حضرت زینب(س) می‌داند. سیدمحسن امین حسینی عامِلی(1284 ـ 1371ق) فقیه، ادیب و شرح‌حال‌نگار شیعی اهل جبل عامل در لبنان، این دیدگاه را پذیرفته و دلائلی را در رد دو قول نخست ارائه کرده است.