کتابخانه آستان مقدس دارای گنجینه‌های متعدد خطی و چاپی قرآن کریم است و بیش از دو هزار و ۵۰۰ نسخه خطی کامل و آسیب دیده جزء در کتابخانه و موزه آستان مقدسه حضرت معصومه (س) نگهداری می‌شود. همچنین از جمله قدیمی‌ترین این نسخه‌ها می‌توان به قرآنی به خط کوفی که متعلق به قرن سوم است اشاره کرد.