این بخش به لحاظ تعداد و تنوع آثار و برخورداری از شیوه‌های ممتاز هنر کتاب‌آرایی مانند تذهیب، تجلید، خوشنویسی اهمیت بسیار زیادی دارد. برخی از قرآن‌های موزه در قرون آغازین حیات اسلام یعنی در قرن دوم و سوم هم‌زمان با حکومت خلفای عباسی کتابت شده و برخی نیز در سایر ادوار اسلامی، مصادف با حکومت آل بویه، سلجوقیان، ایلخانیان، تیموریان، صفویان و قاجاریان نوشته شده است. تعداد زیادی از قرآن‌ها، مربوط به دوره صفوی است که البته این مقطع از تاریخ ایران در واقع دوره اوج شکوفایی رشته‌های مختلف هنری ازجمله فنون مختلف کتاب‌آرایی است.