اولین بنای حرم مطهر حضرت شاهچراغ(ع) را به زمان عضدالدوله دیلمی فرزند حسن ملقب به رکن الدوله از سلاطین آل بویه نسبت می‌دهند. تعمیرات بنای قبلی و اضافه کردن ابنیه جدید در زمان اتابکان فارس (۶۲۳ تا ۶۵۹ ه. ق) به دستور امیر مقرب‌الدین مسعود بدرالدین، وزیر اتابک ابوبکر سعد زنگی صورت گرفته است. بعداً در سال ۹۱۲ ه. ق توسط شاه اسماعیل صفوی تعمیراتی در بقعه مطهّره انجام می‌گیرد. در سال ۱۱۴۱ ه. ق به دستور نادر شاه افشار تعمیرات بعدی صورت می‌گیرد. در مورد انگیزه این اقدام مطالب مختلفی بیان شده که یکی از آنها این است که نادر شاه پیش از اینکه شیراز را از سلطه افغان‌ها آزاد کند نذر می‌نماید چنانچه بر افغان‌ها پیروز شد؛ تعمیرهایی در شاهچراغ انجام دهد. لذا بعد از پیروزی هزارو پانصد تومان پول رایج آن زمان برای تعمیر و مقدار ۷۲۰ مثقال طلای ناب جهت ساختن قندیلی در بالای ضریح اهدای می‌کند. گرچه در زلزله‌های شیراز به خصوص در سال‌های ۹۹۷ و ۱۲۳۹ ه. ق بخش‌های عمده ساختمان حرم مطهّر ویران می‌شود لیکن با همت مسئولان حرم مطهّر و مردم در زمان حسینعلی میرزا حاکم فارس (۱۲۳۹ ه. ق) مرمت و بازسازی می‌شود. آینه کاری سقف و دیوارهای حرم نیز در سال ۱۳۰۵ ه. ق به همت استاد زین‌العابدین پایان یافته است.