براساس عزم جهاددانشگاهی برای استمرار و تقویت فعالیتهای قرآنی، اساسنامه تشکیل مجموعهای در سال ۱۳۸۰ با عنوان «مرکز فعالیتهای قرآنی دانشجویان کشور» به تصویب هیئت امنای جهاددانشگاهی رسید که بعدتر به عنوان «سازمان قرآنی دانشگاهیان کشور» به طور جدیتر به عرصههای قرآنی ورود کرد.

به گزارش ایکنا، فعالیتهای قرآنی همواره به عنوان محور و شالوده اصلی فعالیتهای فرهنگی جهادگران مطرح بود و گستردگی فعالیتهای قرآنی جهاددانشگاهی تا به آنجا ادامه یافت که برای استمرار و تقویت این فعالیتها، ایجاد و استقرار سازمان مشخص و نظام مندی ضرورت پیدا کرد.
براساس این ضرورت و نیز عزم جزم مجموعه جهاددانشگاهی مرکزی مستقل و با اساسنامه و تشکیلات مشخص در سال ۱۳۸۰ با عنوان «مرکز فعالیتهای قرآنی دانشجویان کشور» به تصویب هیئت امنای جهاددانشگاهی رسید.
این سازمان در سال ۱۳۸۰ فعالیت خود را از یک اتاق و با دو نفر نیرو در ساختمان معاونت فرهنگی جهاددانشگاهی آغاز کرد تا اینکه با گذشت ۲ سال، به عنوان «سازمان فعالیتهای قرآنی دانشجویان کشور» و سپس به عنوان «سازمان قرآنی دانشجویان کشور» وارد عرصه جدیدی شد و در ادامه با تأسیس خبرگزاری ایکنا درخشش آن دو چندان شد.