آنچه مسلم است، این است که مسجد مقدس جمکران، بیش از یک هزار سال پیش به فرمان حضرت بقیه الله (ارواحنا له فدا) در بیداری، نه در خواب تأسیس گردیده و در طول قرون و اعصار، پناهگاه شیعیان و پایگاه منتظران و تجلی گاه حضرت صاحب‌الزمان (علیه السلام) بوده است. علامه بزرگوار، میرزا حسین نوری در کتاب ارزشمند نجم الثاقب جریان تأسیس مسجد مقدس جمکران را چنین آورده است: شیخ فاضل، حسن بن محمد بن حسن قمی، معاصر شیخ صدوق، در کتاب «تاریخ قم» از کتاب «مونس الحزین فی معرفة الحق و الیقین» از تالیفات شیخ صدوق، بنای مسجد جمکران را به این عبارت نقل کرده است که شیخ عفیف صالح حسن بن مثله جمکرانی می‌گوید: شب سه‏ شنبه، هفدهم ماه مبارک رمضان سال ۳۹۳ هجری در سرای خود خفته بودم که جماعتی به در سرای من آمدند. نیمی از شب گذشته بود. مرا بیدار کردند و گفتند: «برخیز و امر امام محمد مهدی صاحب‌الزمان (صلوات الله علیه) را اجابت کن که تو را می‌خواند.