بنای تاریخی خواجه خضر در شهر بیرجند، روبروی مدرسه شوکتیه قرار دارد. این بنا از معدود بناهایی با کاربری مسجد و آرامگاه است که در عصر قاجار احداث شده و پلان تک ایوانی، تزئینات آجرکاری و رسمی‌بندی ایوان از ویژگی‌های منحصر به‌فرد آن به‌شمار می‌آید. با توجه به شواهد موجود به‌نظر می‌رسد، این بنا دو بانی به نام‌های خواجوی و منصف داشته و زمان ساخت آن به عصر قاجاریه برمی‌گردد. بنای خواجه‌خضر از نظر نوع نقشه تک‌ایوانی بوده و در دو طبقه ساخته شده است؛ اجزای مختلف و عناصر گوناگون در این بنا بیانگر نوعی قرینه‌سازی در طراحی بنا است. همچنین در طراحی و ساخت سردر فضای ورودی بنا تزئیناتی به‌کار نرفته و تنها نوعی آجرکاری به شکل هندسی در دو طرف پایه‌های آن استفاده شده است. فضای ورودی کوچک‌تر از فضاهای دیگر طراحی شده و برای دسترسی به صحن این بنا باید از یک هشتی و دالانی که به‌طور مستقیم بعد از آستانه در واقع شده عبور کرد. در زمان ساخت بنا، اطراف آن تماما قبرستان بوده و گمان آن می‌رود که از این بنا برای انجام مراسم تدفین و خواندن نماز استفاده می‌شده است. این اثر جزو آثار به ثبت رسیده ملی ایران به‌شمار می‌آید.