بنای خواجه خضر در قلب بافت تاریخی شهر بیرجند واقع شده است. این بنا از معدود بناهایی با کاربری مسجد و آرامگاه است که در عصر قاجار احداث شده و پلان تک ایوانی، تزئینات آجرکاری و رسمی‌بندی ایوان از ویژگی‌های منحصر به‌فرد آن به‌شمار می‌رود.