همزمان با فرارسیدن سیزدهم رجب و سالروز ولادت حضرت علی (ع)، آیین معنوی اعتکاف در بسیاری از مساجد کشور آغاز و به مدت سه روز ادامه دارد. مسجد جامع یزد نیز میزبان تعدادی از دانش آموزان، در این خلوت نشینی معنوی است.