IQNA'nın Mescid-i Nebevi Üniversitesi haber sitesinden aktardığına göre, erkek öğrencilerin kaydı beş grupta Kur'an bilimleri, teoloji, geleneksel bilimler, inançlar ve Arap dilinde gerçekleşmektedir. Kız öğrencilerin kayıtları sadece İlahiyat bölümüne yapılmaktadır.
Her bölüm için üniversitenin kabul şartları şunlardır:
İlahiyat grubu : Kehf sûresinden Nas sûresine kadar Kur'an-ı Kerim'den 15 cüz ezberi,
Geleneksel bilimler grubu: Kur'an-ı Kerim'den 5 cüz ezberi,
Kur'an bilimleri grubu: Kur'an-ı Kerim'den 15 cüz ezberi Kehf sûresinden Nas sûresine kadar ve tüm Kur'anın doğru okunuşu
İnanç Grubu: Kur'an-ı Kerim'den 5 cüz ezberi
Arap dili grubu: Kur'an-ı Kerim'den 5 cüz ezberi
Mescid-i Nebevi Üniversitesi 2010 yılında Mescid-i Nebevi de açıldı.