अली (अ.स.) और फ़ातिमा (स.अ.) ने जो मधुर जीवन जीया, उसके बावजूद फ़ातिमा (स.अ.) के जीवन के आखिरी कुछ महीनों में उनके साथ दुर्भाग्यपूर्ण घटनाएँ घटीं; जैसा कि ऐतिहासिक स्रोतों में उल्लेख किया गया है, पैगंबर की मृत्यु के बाद फ़ातिमा (पीबीयूएच) को जिन कड़वाहटों और समस्याओं से गुजरना पड़ा वह इतनी अधिक थीं कि इस अवधि के दौरान किसी ने भी उन्हें मुस्कुराते हुए नहीं देखा।
फ़दकीयह उपदेश, जो आज तक जीवित है, इन पीड़ाओं और कड़वाहटों का एक दस्तावेज़ है। यह उपदेश, जो सहाबियों की उपस्थिति में दिया गया था, पैगंबर के बाद उन्हें हुई परेशानियों को स्पष्ट रूप से प्रकट करता है। पैगंबर (पीबीयू) की हानि, सक़ीफ़ा कहानी, खिलाफत से संबंधित मामले और फ़दक की जब्ती कुछ ऐसे सुबूत हैं जो इस दुख का कारण बने।
सक़ीफ़ा परिषद में लिए गए निर्णय पर फ़ातिमा (स.) और अली (स.) के विरोध के कारण उन्हें धमकी दी गई। अली (अ.स.) और फ़ातिमा (स.अ.) ने उस समय के ख़लीफा के प्रति निष्ठा न रखने पर फ़ातिमा के घर में बैठे उनके कुछ साथियों के कारण उनके घर पर हमला करवाया और इस हमले में फ़ातिमा को अली को निष्ठा की शपथ दिलाने से रोकने के कारण घायल हो गयीं, और उसके बच्चे का गर्भपात हो गया। इस घटना के बाद फ़ातिमा बीमार पड़ गईं और कुछ ही समय बाद उनकी मृत्यु हो गई।
फ़ातिमा (स.अ.व.) ने अली (स.अ.व.) को वसीयत की कि उनके विरोधियों को उनके शव और उनके दफ़न समारोह के लिए प्रार्थना में भाग न लें और अली (स.अ.व.) से उन्हें रात में दफ़नाने के लिए कहा। मश्हूर राय के अनुसार, फ़ातिमा (सल्ल.) को 3 जुमादी अल-षानी वर्ष 11 हिजरी को मदीना में शहीद कर दिया गया था। उनकी उम्र अट्ठारह वर्ष बतायी जाती है; लेकिन इमाम बाकिर (अ.स.) के एक रिवायत में उनकी उम्र 23 साल बताई गई है।
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