Beyanet sitesine göre, İstanbul'un Fatih ilçesinde bulunan yapı, miladi 534 yılında Bizans döneminde manastır olarak inşa edilmiştir. 1453'te İstanbul'un Osmanlılar tarafından fethinden sonra 1511'de İstanbul'daki Ayasofya Kilisesi gibi camiye çevirildi. Bu bina 434 yıl cami olarak kullanıldıktan sonra Türkiye Cumhuriyeti'nin kurulmasından sonra Bakanlar Kurulu kararıyla 1945 yılında müzeye dönüştürüldü.
Danıştay 11 Kasım 2019 tarihli kararında binanın Milli Eğitim Bakanlığı'na müze olarak kullanılmak üzere tahsis edilmesinin hukuka aykırı olduğuna hükmetti.
İstanbul’ın Fatih ilçesinde Bizans döneminden kalma Kariye Müzesinin yönetimi Diyanet İşleri Başkanlığına devredildi.