La présence des chiites en Indonésie, remonte à plusieurs siècles. La présentation des enseignements chiites en Indonésie, s'est faite par l'intermédiaire de commerçants et de prédicateurs, iraniens et yéménites, qui voyageaient sur les côtes de ce pays, notamment à Aceh et à Sumatra.
Malgré la domination sunnite, les cérémonies d'Achoura, notamment dans la région de Benkulu, sont encore célébrées, font partie du patrimoine culturel et religieux du pays, et montrent l’influence du chiisme en Indonésie.
La présence des chiites dans ce pays, a été affectée avec l’arrivée des colonialistes hollandais, aux XVIIe et XVIIIe siècles, qui ont renforcé les courants sunnites afin de mieux gérer les musulmans de cette région, et ont tenté de limiter l'influence chiite en promouvant la religion shaféite. Cette politique des Pays-Bas a réduit l'influence des chiites dans de nombreuses régions d'Indonésie où les chiites ont été marginalisés.
La Révolution islamique a inspiré de nombreux mouvements islamiques à travers le monde, notamment en Indonésie, avec ses slogans de justice, de retour aux principes de l’Islam et de lutte contre l’arrogance. En tant que symbole de la lutte contre l'oppression et la tyrannie, l'Imam Khomeiny est devenu un modèle pour de nombreux musulmans indonésiens, et ses enseignements ont laissé un profond impact, en particulier parmi les intellectuels et les étudiants islamiques de ce pays.
La révolution iranienne a attiré l'attention des mouvements étudiants islamiques comme le Mouvement des étudiants musulmans indonésiens (HMI) et l'Organisation Muhammadiyah qui recherchaient des réformes sociales et un retour aux principes de l’Islam, et se sont alignés sur les idées révolutionnaires de l’Iran.
Dans les années 1980 et 1990, un grand nombre d’étudiants et d’universitaires indonésiens se sont rendus en Iran pour étudier et à leur retour en Indonésie, ont promu les doctrines chiites et les idées de la Révolution islamique.
Après la Révolution islamique, les relations diplomatiques et économiques entre la République islamique d’Iran et l’Indonésie, se sont poursuivies et même développées. En tant que pays musulmans, l’Iran et l’Indonésie ont toujours recherché une coopération approfondie dans divers domaines. Les domaines de coopération les plus importants entre les deux pays, sont ceux du pétrole et du gaz.
Parallèlement à la coopération économique, les relations scientifiques et culturelles se sont également développées entre l'Iran et l'Indonésie. Les institutions culturelles iraniennes organisent de nombreuses activités culturelles et éducatives en Indonésie, dans le but de promouvoir la culture chiite. La coopération scientifique entre les universités iraniennes et indonésiennes, s'est poursuivie à travers l'échange de professeurs et d'étudiants, et ces liens ont contribué à renforcer les liens culturels entre les deux pays.
Certains Indonésiens, en particulier les élites islamiques, sous l'influence de la révolution islamique iranienne et des enseignements de l'imam Khomeiny, ont acquis une vision positive des chiites et de la République islamique.
Cependant, d’autres personnes en Indonésie, notamment dans les zones rurales et sous l’influence des groupes religieux conservateurs, ont une vision négative des chiites et sont souvent influencées par la propagande négative et la désinformation diffusées par des groupes religieux extrémistes comme le Front islamique des défenseurs (FPI). En utilisant les médias sociaux et la propagande religieuse, ces groupes ont attisé les sentiments anti-chiites et dans certains cas, alimenté les conflits religieux particulièrement dans des régions de l’ouest de Java et l’ouest de Sumatra où les chiites ont été contraints de quitter leurs foyers.
Ces dernières années, avec la croissance des groupes religieux extrémistes en Indonésie, les tensions religieuses entre sunnites et chiites se sont accrues. Les groupes extrémistes, tels que le FPI, ont intensifié les divergences religieuses dans la société indonésienne, grâce à une vaste propagande anti-chiite. Ils utilisent les réseaux sociaux pour diffuser de fausses informations sur les chiites et la République islamique d’Iran, et tentent de présenter les chiites comme une menace.
Cette propagande négative a conduit à un élargissement du fossé entre sunnites et chiites, et a conduit à des violences et à des conflits religieux dans certaines régions où les chiites, victimes de discriminations, sociales et économiques, ont été contraints de quitter leurs résidences.
Ces conflits ont accru les inquiétudes internationales concernant la situation des minorités religieuses en Indonésie. Les organisations de défense des droits de l'homme ont alerté à plusieurs reprises, sur la situation alarmante des chiites en Indonésie, et ont demandé au gouvernement du pays de protéger les droits des minorités religieuses.
La Constitution indonésienne garantit la liberté religieuse et le gouvernement s'efforce de défendre les droits des minorités notamment ceux des chiites. Cependant, dans certaines zones sous l'influence de groupes extrémistes, le gouvernement a été confronté à des difficultés dans la mise en œuvre de ces politiques. Toutefois, les efforts du gouvernement et des institutions religieuses pour réduire les tensions et promouvoir la coexistence religieuse se poursuivent.
De grandes organisations religieuses indonésiennes telles que le Mouvement Ulama (NU) et Muhammadiyah, ont été activement impliquées dans la promotion de la coexistence religieuse et de la tolérance. Ces institutions ont tenté de prévenir les tensions religieuses et d'encourager leurs adeptes à coexister pacifiquement avec les chiites et les autres minorités religieuses.