Les études d'O'Connor se concentrent sur le Coran et ses relations avec les traditions et textes juifs et chrétiens. Il a fait de nombreuses présentations lors de conférences internationales, et présenté les résultats de ses études sur les relations interconfessionnelles.
En 2019, il a complété son doctorat par une thèse sur le concept de prophétie dans le Coran, la nature des prophètes et leur rôle. Sa thèse a été acceptée par l'Association internationale des études coraniques et devrait être publiée sous la forme d'un livre d'ici un an.
Son étude introduit deux modèles principaux de prophétie dans le Coran, qu'il appelle modèle krygmatique qui fait référence aux prophètes qui prêchent, et modèle théonomique qui se concentre sur les prophètes qui gouvernent, et estime que ces deux modèles s'intègrent bien dans le contexte des sourates mecquoises et médinoises.
Le modèle krygmatique est cohérent avec les versets mecquois du Coran, dans lesquels les prophètes sont décrits comme des transmetteurs de messages divins et non comme des dirigeants.
Le modèle théonomique est basé sur le gouvernement de la société, basé sur la loi divine, et pour la première fois, mentionne spécifiquement le rôle de Moïse et les commandements du Mont Sinaï. Ce modèle traite du rôle du Prophète en tant que superviseur et leader de la société. Il semble que ce modèle soit tout à fait compatible avec les sourates Médinoises. Dans ce modèle, le rôle du prophète ne se limite pas à la prédication, mais il agit en tant que leader et superviseur actif dans la société, et joue un rôle plus actif dans la propagation de la foi. Ce modèle introduit des fonctionnalités nouvelles et distinctives, comme les pouvoirs du Prophète, l'obéissance au Prophète, le rôle du Prophète dans la société, son rôle actif dans l'orientation et la gestion de la société et dans l'établissement des lois.
À Médine, le rôle du Prophète inclut la mise en œuvre des lois divines, le jugement des différends et la conduite de la communauté dans les guerres.
Selon Andrew O'Connor, dans le Coran, les prophètes ont le rôle d’avertisseurs du jugement et d’annonceurs de la bonne nouvelle, sans attendre aucune récompense. Leur rôle est de faire passer le message sans rien attendre en retour. Les prophètes doivent être patients et s’abstenir de toute précipitation et de tout comportement allant au-delà de leurs devoirs prophétiques. Le pouvoir et l’autorité des prophètes sont limités. Ils n’ont pas le droit de contrôler ou de forcer les gens à croire.
Certains prophètes correspondent aux deux modèles, mais d'autres ne correspondent qu'à un seul. Par exemple, Moïse et Salomon correspondent bien au modèle civil, et Salomon présente également les caractéristiques d’un dirigeant. Cependant, il y a des personnages comme Noah et Jonah qui ne rentrent clairement dans aucun des modèles. Le concept de prophétie dans le Coran, ne se limite donc pas à un modèle fixe.
La différence entre prophète et messager est évoquée dans le Coran. Les cinq principaux prophètes (Noé, Abraham, Moïse, Jésus et Mohammad (psl) ont un statut particulier, et sont considérés comme des personnages clés au cours de la direction divine, chacun contribuant d’une manière ou d’une autre, à la continuité de la révélation divine.
Le Coran présente les prophètes avec différents degrés. Certains prophètes mettent plus que d’autres, l’accent sur le jugement divin et les événements futurs. Peut-être que la description de ces prophètes dans le Coran, reflète leur mission et leur personnalité plutôt que de les classer en fonction de l’importance de leur message.