Construída em 1465 durante o reinado de Jahan Shah, o governante da dinastia Qara Qoyunlu, a mesquita fazia parte de um complexo maior que incluía uma escola teológica, biblioteca e mausoléu. Era uma das estruturas mais magníficas de sua época, refletindo os avanços artísticos e arquitetônicos dos estilos Timúrida e Persa.
A mesquita recebeu seu nome dos impressionantes azulejos azuis que outrora adornavam todo o seu exterior e interior, com elaborados padrões geométricos, motivos florais e inscrições caligráficas. Estes azulejos foram desenhados com notável precisão, tornando a mesquita um exemplo excepcional do trabalho em azulejo persa.
No entanto, um terremoto devastador em 1779 causou danos severos, deixando grande parte da mesquita em ruínas. Por mais de um século, ela permaneceu em estado dilapidado até o início dos esforços de restauração no século XX.