Kur’an mucizesinin yaşadığımız yüzyılda en önemli yönlerinden biri de bilimsel mucizelerdir. Kur’an’ın birçok ayetinde bilimsel konulara değinilmektedir. Bu bilimsel işaretlerin bir kısmı Kur’an’ın indirildiği dönemde keşfedilmemiş, bir kısmı ise yüzyıllar sonra keşfedildiğinden bunlar Vahiy Kelam’ının mucizesinin bir parçası olarak değerlendirilmektedir.
Kur’an, zamanın geçmesiyle tazeliğini kaybetmeyen, ancak bilim ilerledikçe Kur’an’nın sırları keşfedildikçe ayetleri daha da netleşmekte ve parlamaktadır. Bu bir iddia değil gerçektir. Ve Allah’ın dilemesiyle olmuştur.
1- Toprağın yağmurla ekime hazırlanması
Abese suresi 24 ila 28. ayetleri: “İnsan yediğine bir bakıp düşünsün! Biz bolca su indirdik. Sonra toprağı uygun şekilde yardık. Oradan ekinler bitirdik. Üzüm bağları, sebzeler;”
Dünyanın yüzeyi devasa bir kaya tabakasıyla kaplıydı. Milyonlarca yıl sağanak yağmurların yağmasıyla kayalar parçalandı. Parçacıklar ayrılıp toprak genişlemiş ve ekilebilir toprak kütlesi oluşmuştur. Bunların bir kısmı sellerle denize dökülür. Ancak yerini kar ve yağmurun oluşturduğu yeni toprak kütleleri alır, aksi takdirde insanlar tarım yapabilecekleri toprak sıkıntısı çekerlerdi. Kur’an- Kerim yüzyıllar önce bu gerçeğe işaret etmiştir.
2- Bitkilerin çift yaratılması
Ra’d suresi 3. ayeti: “Yeryüzünü enine boyuna uzatan, onda sabit dağlar ve ırmaklar meydana getiren, orada meyvelerin her birinden çifter çifter yaratan O’dur. Geceyi de gündüzün üzerine O bürüyüp örtüyor. Düşünen insanlar için şüphesiz bütün bunlarda ibretler vardır.”
İsveçli botanikçi Carl von Linné (1707-1778), 18. yüzyılda çiftler halinde yaşamanın bitkiler dünyasında neredeyse evrensel bir kural olduğunu ve bitkilerin de hayvanlar gibi erkek ve dişinin birleşmesiyle döllendiğini keşfetmeyi başardı. Oysa Kur'an-ı Kerim bu konuyu bin yüz yıl önce bu konuyu ortaya çıkarmıştı.