En 1937, malgré les pressions du régime des Pahlavis et les craintes de ses amis et de sa famille, il entre au centre islamique de Qom peu de temps après la disparition de l’Ayatollah Hadj Cheikh Abdol Karim Haeri Yazdi, fondateur du centre islamique de Qom dont Seyed Mohamad Hojat, Seyed Sadr-o-din Sadr et Mohamad Taghi Khorasani avaient alors pris la direction.
Le martyr Mottahari croyait en la légitimité d’un gouvernement islamique pour la théorisation duquel il avait fait beaucoup d’efforts, dans le cadre des activités du Hosseinieh Erchad, un centre de réunions islamiques à Téhéran, où il faisait des discours pour redresser les déviances idéologiques de cette époque.
Après le martyre de l’Ayatollah Seyed Mostafa Khomeiny, Mottahari se consacra totalement aux mouvements révolutionnaires, et à l’époque du séjour de l’imam Khomeiny à Paris, il se rend en France pour discuter avec l’imam sur les suites à donner au mouvement révolutionnaire, et est nommé par l’imam pour la création du comité révolutionnaire islamique. Au retour de l’imam Khomeiny en Iran, il prend la responsabilité du comité d’accueil et se tient au côté de l’imam dans la poursuite du mouvement jusqu’à la victoire de la révolution.
Le 30 avril il est assassiné en pleine nuit, au retour d’une de ses réunions, par les agents du groupe Forghan.
Il est l’auteur de huit livres sur le saint Coran, «l’être humain et le saint Coran», «Le Prophète(SAWA)», «Le principe du Towhid», «Le principe du Djihad», «Le vrai et le faux», «La vie éternelle», «La nature humaine», «La résurrection», «La Prophétie», «La Révélation», et d’autres livres sur les Ahl-ul-Bayt(AS) et la philosophie.
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