Ces manuscrits précieux furent des cadeaux de califes, sultans, princes, savants et personnalités religieuses, qui souhaitaient honorer Al-Aqsa en lui dédiant ces trésors. Ils se distinguent par leur écriture, leurs décorations et leurs dimensions variées, allant des styles coufique et maghrébin aux écritures naskh, thuluth et persane.
Le musée abrite environ 600 exemplaires rares du Coran. Parmi eux, on trouve notamment le Ruba‘a du sultan Soliman le Magnifique et celui du sultan ottoman Bayezid, un grand Coran du sultan mamelouk Barsbay, ainsi qu’un manuscrit attribué à un descendant du Prophète Muhammad (psl).
Parmi les plus remarquables, figure également un Coran en écriture coufique datant du VIIIe ou IXe siècle, ainsi que le Ruba‘a maghrébin, composé de 30 parties, offert au XIIIe siècle par le sultan marocain Abou al-Hassan al-Marini. Il s’agit de l’unique exemplaire conservé, les deux autres ayant été envoyés à La Mecque et Médine.
Le musée conserve aussi un immense Coran, mesurant un mètre de long et 90 centimètres de large, datant du XIVe siècle. Cette collection fait du musée d’Al-Aqsa un lieu unique pour admirer l’histoire et l’art islamique à travers le Coran.