Le CFCM, censé représenter les plus de 3,5 millions de musulmans en France, voit en fait sa représentativité contestée.
Le CFCM intervient dans les relations avec le pouvoir politique, la construction des mosquées, le marché de la viande hallal, la formation des imams et le développement des aumoneries musulmanes en prison et dans l'armée. Il fixe également les dates du mois du ramadan en France et à travers le Conseil européen de la fatwa (UOIE), décréte des fatwas.
Le Conseil d'administration est élu pour trois ans par des délégués des mosquées dont le nombre est déterminé par la surface des mosquées. Le CA élit en son sein le Bureau exécutif (BE) qui élit à son tour le Président du CFCM pour la durée du mandat.
Les Conseils régionaux du culte musulman (CRCM) sont élus en même temps.
Le président du CFCM est Dalil Boubakeur, premier président élu en 2003, puis réélu en 2005 malgré la défaite de la mosquée de Paris et la victoire de la Fédération Nationale des Musulmans de France (Marocains). Cette élection fait suite à des tractations et à des négociations entre les différentes composantes et le cabinet de Nicolas Sarkozy. La légitimité de Dalil Boubakeur est contestée par la quasi-totalité des composantes mais fortement souhaitée par l'Etat qui le juge comme le seul à être apte à occuper cette fonction.
Différentes tendances composent le conseil :
•la Fédération nationale des musulmans de France (FNMF)
•l'Union des organisations islamiques de France (UOIF)
•la Grande mosquée de Paris (GMP)
•le Comité de coordination des musulmans turcs de France (CCMTF)
•la Fédération française des associations islamiques d’Afrique, des Comores et des Antilles (FFAIACA).
•la fédération "Invitation et mission pour la foi et la pratique"
Initié en 1999 par Jean-Pierre Chevènement, c'est finalement sous Nicolas Sarkozy que le CFCM est sorti de l'ombre en 2003. Le CFCM est ainsi devenu l'instance représentatrice des musulmans de France.
Le CFCM et ses 25 CRCM ont pour objet de régler les questions suivantes :
- la construction de mosquées
- carrés musulmans dans les cimetières
- l'organisation des fêtes religieuses (abattage rituel,...)
- nomination des aumôniers dans les hôpitaux, les prisons, les lycées et collèges
- la formation des imams
- etc...
Les musulmans de France ont élu leurs représentants au Conseil français du culte musulman (CFCM) avec un taux de participation de 88,5%. Les élections ont eu lieu les dimanche 6 et 13 avril 2003 pour près de 4000 grands électeurs représentant 995 lieux de culte musulman. Chacune des dix-sept régions électorales ayant participé au scrutin éliront au mois de mai le président de leur bureau.
Le statut et les prérogatives du Conseil français du culte musulman avaient été fixés par un accord conclu les 22 et 23 février 2003 entre le ministère de l’Intérieur et les membres de la consultation des musulmans de France. Le conseil est notamment chargé de représenter les différentes tendances de l’Islam auprès des pouvoirs publics et des autres religions.
La première étape de l'élection du Conseil français du culte musulman s'est déroulée dimanche 6 avril 2003 dans neuf régions. Le taux de participation s'est élevé à 87%, selon les chiffres communiqués par le ministère de l'Intérieur. Dimanche 13 avril, les grands électeurs représentant les lieux de culte des seize autres régions seront à leur tour conviés aux urnes.
Le Conseil français du culte musulman est la première instance chargée de représenter les 4 à 5 millions de musulmans de France auprès des pouvoirs publics et des autres religions. Organisée en conseils régionaux et en un conseil national, cette instance se compose de personnes qualifiées cooptées et de personnes élues. Les 4032 grands électeurs qui élisent le Conseil ont été désignés par les mosquées, leur nombre dépendant de la superficie de chaque lieu de culte et non de sa fréquentation.
Le Conseil d’administration du CFCM s’est réuni en session ordinaire les 15 et 16 mai 2004. Lors de cette réunion, les membres du conseil d’administration ont eu l’honneur de recevoir M. Dominique de Villepin, ministre de l’Intérieur, de la Sécurité Intérieure et des Libertés Locales.