La visite a pour but de mettre Aung San Suu Kyi sous pression pour résoudre la crise humanitaire qui englobe la minorité musulmane Rohingya dans l'état de Rakhine.
Le prix Nobel de la paix fait face à de sérieuses critiques internationales sur le traitement de son gouvernement envers d'environ 1,1 million de Rohingya, l'un des groupes les plus persécutés au monde.
Le ministre Retno Marsudi est arrivé dans la capitale du Myanmar, Yangon, alors que les manifestants dans sa propre capitale, Jakarta, lançaient un cocktail Molotov à l'ambassade du Myanmar.
Le président turc, Recep Tayyip Erdogan, a déclaré vendredi que la violence contre les musulmans Rohingya était un génocide, tandis que le ministre britannique des Affaires étrangères, Boris Johnson, a averti Aung San Suu Kyi que l'oppression de la minorité "nuirait" la réputation de son pays.
Environ 73 000 réfugiés Rohingya sont partis du Myanmar au Bangladesh au cours de la dernière semaine, et les secouristes avertissent que les camps de secours ne peuvent plus les accueillir.
Près de 400 personnes sont officiellement décédées depuis le début de l'exode le 25 août, après que l'armée ait intensifié sa répression contre les musulmans. Mais les militants des droits humains des Rohingya ont répondu que, au moins 1 000 personnes, en majorité des civils, ont été massacrées par des soldats du gouvernement.