L'Islam est entré en Indonésie à partir du 4ème siècle de l'Hégire et a été largement diffusé par les marchands indiens et iraniens dans les îles de Sumatra et de Java à la fin du XIIIème et au début du XIVe siècle. La plupart des musulmans indonésiens sont shaféites et les autres, chiites, hanafites, hanbalites, malikites, zaydites et alaouites. Le pays compte 550 000 mosquées.
Le site d'information Al-Jazeera, dans un article, a déclaré : « Comme Thomas Arnold, le grand orientaliste britannique, l'a écrit dans son livre "Invitation à l’Islam", le commerce arabe avec la Chine à travers le Sri Lanka, s'est répandu au début du VIIe siècle, et avec les marchands arabes au milieu du VIIIe siècle. Jusqu'à l'arrivée des Portugais, ces Arabes étaient considérés comme les maîtres incontestés du commerce avec l'Orient. Par conséquent, nous pouvons affirmer qu'ils ont dû établir leurs colonies commerciales dans une partie de l'archipel malais, comme ils l'ont fait dans d'autres endroits. Les sources historiques fournissent des informations importantes sur les Arabes du Sud et le peuple omanais, et le grand rôle qu'ils ont joué dans la propagation de l'islam au premier siècle de l'Hégire jusqu'à l'arrivée des Portugais au Xe siècle de l'Hégire. Ces marins et marchands omanais ont joué le rôle de leader dans l'océan indien pendant mille ans. Des musulmans yéménites se sont installés dans de nombreuses parties de l'archipel malais et ont établi des gouvernements indépendants sur l'île de Java, comme le gouvernement Siak, le gouvernement Pontiac et le gouvernement d’Aceh. L'une des causes les plus importantes de l'islamisation de l'Indonésie a été le mariage de ces marchands musulmans, omanais et autres, avec des femmes des côtes du sud de l'Inde et des femmes javanaises. Le mariage du roi de Java au XIIe siècle, avec une princesse musulmane, a également été le sujet d’une histoire détaillée. La princesse aurait exigé que le roi se convertisse à l'islam avant de l'épouser. Le roi s'est converti à l'islam et sa conversion a marqué le début d'une nouvelle ère islamique dans la région et dans le centre de Java, avec la formation de petits émirats islamiques qui se sont unis en 1511, quelques mois avant que les Portugais occupent les îles.
Grâce au récit de voyage d'Ibn Battuta, nous apprenons également que les relations entre Sumatra où l'islam s'était élargi grâce aux discours des marchands et aux nouvelles conquêtes musulmanes, s'approfondissaient et se développaient avec les pays islamiques voisins, en particulier avec les rois musulmans de l’Inde et les Arabes du Yémen, d’Oman et d'Arabie saoudite.
Arnold déclare que la vague de propagation de l'islam ne s'est pas calmée avec l'occupation néerlandaise de la région au 16ème siècle et que l'islam a commencé à se répandre pacifiquement, notamment grâce aux efforts du nouveau gouvernement constitué de musulmans malais, et grâce à l'influence des marchands qui voyageaient dans le pays.
Aux XVème et XVIème siècles, l'islam a commencé à se propager dans les régions voisines comme le Cambodge et la Thaïlande en Asie du Sud-Est. Les habitants de ces régions souhaitaient enseigner les sciences islamiques à leurs enfants et les envoyer au centre islamique d’Al-Azhar en Egypte. L'un des prédicateurs les plus célèbres de cette époque, considéré comme le plus grand prédicateur islamique de Sumatra et de Malaisie, était le cheikh Zahir Jalaluddin al-Azhari, décédé en 1956, qui était un élève du cheikh Mohammad Abdo et des cheikhs Mokhtar Lotfi et Elias Yaqub, deux professeurs formés à Al-Azhar qui ont publié en Egypte, le magazine "Marwan Azhar", la voix d'Al-Azhar en indonésien ».
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