Mustafa Mahmoud est né en 1921 à Shabin al-Kum à Menofia. A cause du travail de son père, sa famille s’est installée à Tanta, dans une maison à côté de la mosquée « Seyed Al-Badawi ».
A l'âge de quatre ans, il avait appris les bases de l'arabe ainsi que la récitation du Coran, et ensuite, il mémorisa une grande partie du Saint Coran. A la fin du lycée, Mustafa Mahmoud entra à la Faculté de médecine de l'Université du Caire. Cependant, à cause d'une maladie pulmonaire, il dut abandonner ses études pendant trois ans pour se soigner, trois années qui eurent un grand impact sur sa façon de penser dans le reste de sa vie.
Après avoir travaillé quelque temps dans différents centres médicaux, pour répondre à ses questions sur la vie et la mort, il abandonna la médecine et commença à faire des recherches sur les religions, le Saint Coran, la science et la foi.
Le livre « Effort pour une nouvelle compréhension du Coran » publié en 1970, est son œuvre la plus importante. Dans ce livre, Mustafa Mahmoud tente de présenter une nouvelle compréhension du Coran basée sur les nécessités de son temps, et en harmonie avec les nouveaux développements. Dans ce livre, il traite des sujets importants comme l'histoire de la création, la prédestination et le libre arbitre, les concepts halal et haram, et la résurrection.
Dans cet ouvrage, il a essayé d'interpréter et de comprendre les versets, et de montrer l'étendue du miracle du Coran. L'effort de Mahmoud dans ce livre peut être considéré comme une tentative de rendre compatibles deux environnements, spirituel et matériel. Selon lui, l'homme vit entre deux mondes pleins de tension : le monde de la liberté intérieure et le monde du déterminisme matériel dont les lois fixes enchaînent l'homme et où la seule façon d'agir librement est de connaître ces lois et de les exploiter habilement, en étant en harmonie avec elles.