Selon Francetvinfo, le tribunal a expliqué que le contrat d'association entre le lycée Averroès et l'État ne devrait pas être maintenu jusqu'à ce que la décision de résiliation du contrat prise par le préfet du Nord soit examinée par les juges. La justice a constaté que l'établissement avait manqué à ses obligations en évitant à deux reprises un contrôle du centre de documentation et d'information (CDI) et en enseignant une éthique musulmane basée sur des textes contraires aux valeurs de la République.
Le tribunal a estimé que, dans ces circonstances, le maintien du contrat d'association serait préjudiciable à l'intérêt général. La fin du contrat d'association signifie la fin des subventions, ce qui selon la direction de l'établissement, entraînerait la fermeture du lycée. Les responsables affirment qu'il est impossible de faire fonctionner l'établissement qui compte 400 élèves et 35 enseignants.
L'avocat du lycée Averroès avait dénoncé un "détournement de pouvoir manifeste" de la part du préfet du Nord lors de l'audience. Le 7 décembre 2023, Georges-François Leclerc, alors préfet du Nord, avait annoncé la résiliation du contrat avec l'établissement. L'avocat de la préfecture avait souligné l'adhésion d'Averroès à des doctrines manifestement contraires aux valeurs que doit véhiculer l'enseignement privé sous contrat d'association.
En réponse à la confirmation de la décision du tribunal administratif, le lycée Averroès a décidé de saisir le Conseil d'État. L'avocat du lycée a qualifié cette décision d'inacceptable et a déclaré qu'ils espéraient obtenir une décision favorable du Conseil d'État dans les meilleurs délais.