कुरान की आयतों के संबंध में इमाम रज़ा (अ.स.) की तर्क पद्धति विविध थी। कभी-कभी, इमाम रज़ा (अ.स.) ने कुरान की आयतों के बाहरी और आंतरिक अर्थों को विस्तृत व्याख्या के साथ स्पष्ट किया और कुरान के बारे में संदेह का उत्तर दिया। कभी-कभी उन्होंने ऐतिहासिक घटनाओं पर कुरान की आयतों को लागू करके कुरान की भविष्यवाणियों की सच्चाई को साबित करने की कोशिश की।
इमाम रज़ा (अ.स.) कुरान की रोशनी में कुरान की इसी तरह की आयतों की व्याख्या करते थे और इस्लाम के बारे में कुछ संदेहों का जवाब देते थे। बेशक, वह दैवीय धर्मों के लोगों के साथ बातचीत में अन्य धर्मों के छंदों का उल्लेख करते थे। अन्य बातों के अलावा, उन्होंने अन्य धर्मों की पवित्र पुस्तकों का हवाला देकर धर्मों की उत्पत्ति और उद्देश्य की एकता की ओर इशारा किया।
इमाम रज़ा (अ.स.) ईश्वर की एकेश्वरवाद और एकता को साबित करने, बहुदेववाद और मूर्तिपूजा को नकारने, पुनरुत्थान और मृत्यु के बाद जीवन के बारे में चर्चा करने, दिव्य पैगंबरों, विशेष रूप से इस्लाम के पैगंबर (पीबीयू) की नुबूव्वत को साबित करने के लिए कुरान की आयतों का हवाला देते हैं। और उनके चमत्कार, इमामत और उन्होंने पैगंबर (पीबीयूएच) के अहले-बैत की संरक्षकता और इस्लामी नियमों और कानूनों की व्याख्या की और इन क्षेत्रों में संदेह का जवाब दिया।
उदाहरण के लिए, ईसाई जाषलीक़ की बहस में एक आपत्ति यह थी कि इस्लाम के पैगंबर (पीबीयूएच) पैगंबर नहीं हो सकते; क्योंकि उनकी पवित्र पुस्तक हिब्रू में नहीं है. हज़रत ने इस आयत का जिक्र करते हुए, «وَمَا أَرْسَلْنَا مِنْ رَسُولٍ إِلَّا بِلِسَانِ قَوْمِهِ لِيُبَيِّنَ لَهُمْ» (इब्राहिम: 4) ज़ोर दिया कि  ईश्वर पैगम्बरों को उनके लोगों की भाषा में भेजता है ताकि ईश्वरीय संदेश को उनके लिए सबसे अच्छे तरीक़े से समझाया जा सके है. चूँकि अरब पैगंबर (PBUH) के मुख्य श्रोता थे, इसलिए, कुरान अरबी में प्रकट हुआ। यह किताब एक महान चमत्कार है और अगर यह अरबी में न भी हो तो भी यह एक आसमानी किताब हो सकती है। लेकिन अरबों तक अपना संदेश बेहतरीन तरीके से पहुंचाने के लिए खुदा ने अरबी भाषा में इसका खुलासा किया।
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