Mukjizat saintifik merupakan salah satu aspek terpenting dalam mukjizat Al-Quran pada zaman sekarang. Beberapa ayat Al-Quran merujuk kepada topik sains. Oleh kerana beberapa rujukan saintifik ini tidak ditemui pada masa turunnya Al-Quran, dan orang ramai menyedari sebahagian daripadanya berabad-abad kemudian. Mereka bentuk kandungan saintifik dalam Al-Quran ini dianggap sebagai salah satu mukjizat kitab ilahi ini.
Al-Quran adalah kitab yang tidak hilang kesegarannya dengan peredaran zaman, dengan kemajuan sains dan terbongkarnya rahsia fakta-fakta Al-Quran, ia menjadi lebih jelas dan semakin sains berkembang ke arah evolusi, semakin bertambah cemerlang ayat-ayatnya.
Ini bukan dakwaan kosong, tetapi fakta yang diinstitusikan oleh kehendak Tuhan dalam buku yang mulia ini.
Beberapa contoh keajaiban saintifik ini disebutkan:
1. Menyediakan tanah untuk penanaman dengan disirami hujan
اَنَّا صَبَبْنَا ٱلْمَآءَ صَبًّۭا ٢٥ ثُمَّ شَقَقْنَا ٱلْأَرْضَ شَقًّۭا ٢٦ فَأَنۢبَتْنَا فِيهَا حَبًّۭا ٢٧ وَعِنَبًۭا وَقَضْبًۭا ٢٨ وَزَيْتُونًۭا وَنَخْلًۭا ٢٩ وَحَدَآئِقَ غُلْبًۭا ٣٠ وَفَـٰكِهَةًۭ وَأَبًّۭا ٣١ مَّتَـٰعًۭا لَّكُمْ وَلِأَنْعَـٰمِكُمْ ٣٢
"(Kalaulah ia tidak memikirkan asal dan kesudahan dirinya), maka hendaklah manusia melihat kepada makanannya (bagaimana kami mentadbirkannya) - Sesungguhnya kami telah mencurahkan hujan dengan curahan yang menakjubka - Kemudian kami belah-belahkan bumi dengan belahan yang sesuai dengan tumbuh-tumbuhan - Lalu Kami tumbuhkan pada bumi biji-bijian - Dan buah anggur serta sayur-sayuran - Dan Zaitun serta pohon-pohon kurma - Dan taman-taman yang menghijau subur - Dan berbagai buah-buahan serta bermacam-macam rumput - Untuk kegunaan kamu dan binatang-binatang ternak kamu". (Qs, 'Abasa 80: 24 - 32).
Ayat-ayat ini merujuk kepada satu rangkaian mukjizat saintifik Al-Quran, yang menunjukkan bahawa mula-mula hujan turun kemudian ladang terbelah dan siap untuk bercucuk tanam, amalan ini bukan sahaja berlaku pada zaman awal turunnya wahyu Al-Quran, malah ia berterusan sehingga kini.
2. Berpasangannya tumbuhan
وَهُوَ ٱلَّذِى مَدَّ ٱلْأَرْضَ وَجَعَلَ فِيهَا رَوَٰسِىَ وَأَنْهَـٰرًۭا ۖ وَمِن كُلِّ ٱلثَّمَرَٰتِ جَعَلَ فِيهَا زَوْجَيْنِ ٱثْنَيْنِ ۖ يُغْشِى ٱلَّيْلَ ٱلنَّهَارَ ۚ إِنَّ فِى ذَٰلِكَ لَـَٔايَـٰتٍۢ لِّقَوْمٍۢ يَتَفَكَّرُونَ ٣
“Dan Dia lah yang menjadikan bumi terbentang luas, dan menjadikan padanya gunung-ganang (terdiri kukuh) serta sungai-sungai (yang mengalir). Dan dari tiap-tiap jenis buah-buahan, Ia jadikan padanya pasangan: dua-dua. Ia juga melindungi siang dengan malam silih berganti. Sesungguhnya semuanya itu mengandungi tanda-tanda kekuasaan Allah bagi kaum yang (mahu) berfikir". (Qs, Ar-Ra'd 13:3).
Perkataan; "وَمِن كُلِّ ٱلثَّمَرَٰتِ جَعَلَ فِيهَا زَوْجَيْنِ ٱثْنَيْنِ" merujuk kepada fakta bahawa buah-buahan adalah organisma hidup yang mempunyai sperma lelaki dan perempuan yang disenyawakan melalui inseminasi.
Linnaeus, seorang saintis dan ahli botani Sweden yang terkenal pada abad ke-18 M (1178-1079 M) berjaya menemui bahawa perkahwinan dalam dunia tumbuhan adalah menuruti satu undang-undang sejagat dan tumbuhan, seperti haiwan, disenyawakan melalui penyatuan jentina jantan dan betina. Sedangkan Al-Quran telah menurunkan isu ini seribu empat ratus tahun dahulu.