Elle a été construite en 1418 sur une commande de Goharshad, l'épouse de Shah Rukh, grand émir des Timourides, et les plans en ont été faits par Ghavameddin Shirazi.
La mosquée a subi quelques restaurations pendant la période safavide. Elle possède 4 iwans et une cour mesurant 50 x 55 mètres, ainsi que plusieurs Shabestans.
Le dôme de la mosquée a été sévèrement endommagée en 1911 à cause de bombardements par les troupes russes.
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