Dans la section des manuscrits, ouverte en 1721, se trouvent environ 250 000 manuscrits de différentes époques et dans différentes langues.
Les livres persans de la Bibliothèque nationale sont situés dans la salle des livres orientaux. Outre les livres en persan, des livres en arabe, turc, hébreu, hindi et japonais, sont également disponibles.
Le nombre de livres persans est de 5 000 dont la plupart sont des livres de littérature, d'histoire, de religion et de culture iranienne. Environ 1 200 manuscrits précieux sont conservés dans cette bibliothèque, dont une part importante est une collection de riches manuscrits coraniques.
Le Codex Parisino-petropolitanus est l'un des plus anciens manuscrits du Coran qui subsistent aujourd'hui, un manuscrit de 98 pages datant de la fin du VIIe ou du début du VIIIe siècle. Ce manuscrit contenant plusieurs parties du Coran a été trouvé dans la mosquée Amr de Fustet en Égypte.
70 pages de ce Coran se trouvent à la Bibliothèque nationale de France, 26 pages à la Bibliothèque nationale de Saint-Pétersbourg, 1 page à la Bibliothèque du Vatican, et 1 page dans la collection d'un collectionneur irano-britannique nommé Nasser Khalili, à Londres.
Lors du voyage de Napoléon à la fin du XVIIIe siècle, l'érudit français Jean-Joseph Marcel acheta plusieurs pages du Coran, et Jean-Louis Aslin de Chevrolet en acheta plusieurs autres quelques années plus tard. Les études indiquent que ce manuscrit rédigé en écriture Hejazi, pourrait avoir été écrit en Syrie.
La vidéo ci-dessous, présente les différentes sections de cette bibliothèque et les manuscrits qui y sont exposés :