Les manifestants ont brandi des pancartes affichant des slogans hostiles aux Pays-Bas et ont jeté de l'eau et des oeufs contre la chancellerie néerlandaise.
La manifestation avait été organisée par le Front des défenseurs de l'islam (FPI), une organisation islamique indonésienne.
Le député Geert Wilders, qui a mis jeudi soir sur l'internet le court-métrage "Fitna", a été qualifié de "terroriste chrétien" par les protestataires.
D'autres banderoles en anglais affichaient encore "Kill Geert Wilders" (A mort Geert Wilders) ou "Holland go to hell" (Pays-Bas allez en enfer).
"Nous n'exigeons pas seulement des excuses, nous voulons qu'une procédure judiciaire soit lancée à son encontre", a déclaré à l'AFP l'organisateur du rassemblement, Mohammad Machsuni.
Une centaine de policiers anti-émeute avaient été déployés devant l'ambassade, tandis que les manifestants scandaient "Allah Akbar" (Dieu est le plus grand).
"Le gouvernement indonésien est dans l'obligation de rompre ses liens diplomatiques avec les Pays-Bas et d'expulser tous les citoyens néerlandais. S'il ne peut pas, nous le pouvons", a estimé Abdulrohman Jaeleni, un des manifestants.
L'Indonésie, ancienne colonie des Pays-Bas, est le plus grand pays musulman du monde.
La parution de caricatures du Prophète Mahomet dans le journal danois Jyllands-Posten en octobre 2005 avait provoqué en février 2006 des manifestations rassemblant des milliers de personnes en Indonésie. L'ambassade du Danemark à Jakarta avait dû fermer ses portes plusieurs semaines.
Source: AFP