انتشار کتاب صحیح الکافی از سوی محمدباقر بهبودی و استخراج احادیث کتاب الکافی بنا بر معیار نویسنده، از همان آغاز نقدهای گستردهای به دنبال داشت، بهطوری که ناشر این کتاب به ناچار نام آن را به گزیده الکافی تغییر داد. هر چند نویسنده در این کتاب در شناسایی احادیث صحیح و روایات معارض، علیل و ضعیف روشهای بدیعی ارائه داده، اما روشها و معیارهای او از سوی عالمان دیگر مورد نقد قرار گرفته است.