Ang mga pilosopo at ang mga nasa pilosopiya ay nagsasabing ang relihiyon at pilosopiya, o sa madaling salita ang Qur’an at pilosopiya ay hindi magkatugma.
Maraming mga talata ng Banal na Aklat ang humihiling ng pagmumuni-muni at binibigyang-diin ang karunungan at katwiran.
Ang bersikulo 125 ng Surah An-Nahl ay nagsabi: “Tawagin mo (ang mga pagano) sa landas ng iyong Panginoon sa pamamagitan ng karunungan at mabuting payo at makipagtalo sa kanila sa pinakamabuting paraan. Alam na alam ng Diyos ang tungkol sa mga naliligaw sa Kanyang landas at sa mga naghahanap ng patnubay."
Ang layunin ng paghimok ng pagmumuni-muni at pagiging makatwiran ay akayin ang sangkatauhan sa katotohanan na ang Diyos ay umiiral at ang tao ay maaaring makamit ang kaligtasan at ang paraan tungo dito ay ang paniniwala sa Diyos at pag-asa sa Kanya.
Hindi lamang hinihikayat ng Qur’an ang pagmuni-muni, kundi pati na rin ang wika ay isa ng lohika at katwiran sa maraming mga talata, na ang ilan ay nagpapatunay ng isang bagay at ang ilan ay nagpapatunay ng isang bagay.
Sa Verse 22 ng Surah Al-Anbiya, halimbawa, sinabi ng Diyos: “Kung mayroon pang ibang mga diyos sa langit at lupa maliban sa Diyos, ang langit at ang lupa ay nawasak. Ang Diyos, ang Panginoon ng Trono, ay napakaluwalhati upang maging tulad ng inaakala nila na Siya ay.”
Ang talatang ito ay naglalahad ng argumento batay sa isang paghahambing na makatuwirang nagpapatunay na walang ibang diyos kundi ang Diyos.
Ang isa pang halimbawa ay kung ano ang sinasabi ng Qur’an tungkol sa pisikal na muling pagkabuhay: “Siya ay nagtatanong sa Aming Pagkabuhay na Mag-uli sa kanya, ngunit nakalimutan ang kanyang sariling nilikha. Siya ay nagsabi, ‘Sino ang magbibigay-buhay sa mga buto na naging abo?’” (Surah Ya-Seen, Verse 78) Ito rin ay isang pilosopikal na argumento.
Mayroon ding maraming mga halimbawa sa Qur’an sa mga tuntunin ng pagtawag para sa kritikal na pag-iisip. Halimbawa, upang malaman ang katotohanan, ang Qur’an ay nananawagan sa mga tao na mag-isip para sa kanilang sarili sa halip na bulag na tumulad sa iba: “Kapag ang ilang mga tao ay hiniling na sundin ang mga paghahayag ng Diyos, sila ay nagsasabi, 'Mas gusto naming sundin kung ano ang mayroon ang aming mga ama. sumunod,' kahit na ang kanilang mga ama ay walang pang-unawa at hindi mahanap ang tunay na patnubay.” (Surah Al-Baqarah, Verse 170)
O sa talata 36 ng Surah Al-Isra, sinabi ng Diyos: “Huwag sundin ang hindi mo nalalaman; ang mga tainga, mata, at puso ay mananagot sa kanilang mga gawa.” Kaya't ang isang tao ay hindi dapat tumahak sa isang landas na hindi niya alam, o sumunod sa isang taong hindi niya lubos na kilala. Ang mga ito ay napakahalagang mga paksa sa kritikal na pag-iisip at mayroong maraming mga naturang pagtatagubilin na may kaugnayan sa kritikal na pag-iisip sa Qur’an.