فرزند ارشد استاد شهید مرتضی مطهری، مجتبی مطهری فارغ‌التحصیل رشته الهیات در مقطع دکتری است، اکنون دو پسر به نام‌های زهیر 30 ساله و محمدحسین 24 ساله دارد و همچنین صاحب نوه‌ای دوساله با نام محمدصدرا است که به گفته ایشان، انتخاب این نام، ناشی از تلاقی عشق به رسول‌الله(ص) از یک سو و احترام به علاقه شهید مطهری به صدرالمتألهین، از سوی دیگر است.