آیت الله مهدى هادوى، پس از مدتى آموزش غير رسمى علوم دینی در تهران، تحصيلات رسمى حوزوى خود را در قم آغاز كرد. سپس به تهران بازگشت و ادبیات و منطق را در نزد اساتید برجسته ای مانند حضرات آیات خوشوقت ، فقهی و جوادی آموخت و اصول فقه مقدماتی و متوسظ را از محضر حضرات آیات علیمحمدی سبزواری و رحمانی مازندرانی در تهران بهره جست.آنگاه پس از مهاجرت دائم به قم ، دوره سطح را در مدت پنج سال در نزد استادان نام آوری همچون حضرات آیات شیخ علی پناه اشتهاردی ، مصطفی اعتمادی، طاهر شمس گلپایگانی،حسینی کاشانی، صالحی مازندرانی،فاضل لنکرانی و سید حسن طاهری خرم آبادی به پايان رساند و در امتحانات حوزه بارها به عنوان فرد ممتاز معرفى شد. پس از آن به تحصيل عالیترین سطح تحصیلات حوزوی -یعنی خارج فقه و اصول -پرداخت و از اساتيد بزرگى همچون حضرات آيات عظام جعفر سبحانى، جواد تبريزى، وحيد خراسانى، بهجت فومنى، مكارم شيرازى،و ميرزا هاشم آملى استفاده كرد و مکتب فقهی و اصولی شهید آیت الله العظمی سید محمد باقر صدر را در محضر درس آيت الله سید محمود هاشمی و به ویژه استاد برجسته حضرت آیت الله سيد كاظم حائرى فرا گرفت. دانش رجال را از آیت الله جعفر سبحانی و رجالی نام آشنای معاصر آیت الله سید موسی شبیری زنجانی آموخت.
در فلسفه و منطق از محضر بزرگانى همچون حضرات آيات انصارى شيرازى، حسن زاده آملى، و مصباح يزدى بهره جست و سالها به خوشهچينى از خرمن حكمت حكيم متأله آيت الله جوادى آملى مشغول بود. افزون بر اين، وى آموزش های اخلاقی و عرفانی را از تهران در نزد آیت الله خوشوقت آغاز کرد و از ابتداى حضور خود در قم، افزون بر بهره گیری از دریای معنویت فقیه عارف حضرت آیت الله بهجت فومنی و دروس اخلاق آیت الله مظاهری، با سالك واصل حضرت آيت الله بهاءالدينى، مراوده و ارتباط مستمر و وثيق داشت و اين ارتباط تا هنگام رحلت آن عارف فقيه برقرار بود. وى در نزد آن بزرگوار علاوه بر اخلاق و عرفان به تحصيل فقه ، تفسير قرآن و حديث نیز پرداخت.