این مسجد، از جمله مکان‌های مذهبی مهم و مورد توجه مردم بیرجند و از آثار دیدني استان خراسان جنوبي است که داراي دو درب ورودي است که يک درب از محل ميدان به صحن مسجد راه دارد و ورودی دوم که در ضلع جنوب مسجد قرار گرفته مستقيم به شبستان ستون‌دار منتهي مي‌شود. ورودی اول دارای تزئینات آجرکاری بوده و ساخت آن مربوط به اواخر دوره قاجار یا اوايل دوره پهلوی است ولي ورودی دوم که مستقيماً به شبستان مي‌رسد دارای طاق جناغي و تزئينات رسميی بندی است و به زمان ساخت خود مسجد برمي‌گردد. این بنا دارای دو محراب است. بنا بر روایات یک محراب برای نمازگزاران شيعه و ديگري برای اهل سنت درنظر گرفته شده است. اما برخي بر اين اعتقاد هستند که به دليل احترام گذاشتن به قبله اول مسلمانان يک محراب در مسير بيت‌المقدس قرار گرفته است. از دیگر قسمت‌های اصلی بنا می‌توان به ۲۱ ستون کامل با فرم چهار ضلعی اشاره کرد که ستون‌ها با جرز ضخيم و با ارتفاع ۲ مترنمای خاصي را در جهت شبستان به‌وجود آورده‌اند. مسجد جامع چهار درخت بیرجند در سال ۱۳۷۸ از سوی سازمان میراث فرهنگی و گردشگری با شماره ۲۴۰۴ در فهرست آثار ملي ايران به ثبت رسيد.