Ang pang-agham na himala ay kabilang sa pangunahing mga aspeto ng mga himala ng Qur’an sa panahon ngayon. Maraming mga talata ng Qur’an ang tumutukoy sa mga isyung pang-agham. Dahil ang ilan sa mga isyung ito ay hindi pa natuklasan sa panahon ng paghahayag ng Qur’an at natagpuan ng mga tao ang tungkol sa kanila pagkaraan lamang ng mga siglo, ang mga ito ay itinuturing na bahagi ng himala ng Banal na Aklat.
Ang Qur’an ay isang aklat na hindi nawawala ang pagiging bago nito sa paglipas ng panahon, ngunit habang mas umuunlad ang agham, mas natutuklasan ang mga lihim ng Banal na Aklat at mas kumikinang ang mga talata nito. Ito ay hindi isang badya ngunit isang katotohanan.
Narito ang ilang mga halimbawa ng mga pang-agham na himala ng Qur’an:
1- Ang lupa ay inihahanda ng ulan para sa pagtatanim ng mga pananim
“Hayaan ang tao na mag-isip tungkol sa (kung paano Kami gumagawa) ng kanyang pagkain. Kami ay nagpapadala ng masaganang tubig, at hinahayaang bumuka ang lupa upang magbunga doon ng mais, ubas, (at) mga gulay.”
Ang ibabaw ng lupa ay unang natakpan ng mga bato. Pagkatapos, sa loob ng milyun-milyong mga taon, nagkaroon ng paulit-ulit na pag-ulan na nagputolputol ng mga bato ng mga piraso at lumikha ng lupa na mabuti para sa agrikultura. Ito ang patuloy na nangyayari ngayon at ito ay isang katotohanan na itinuro ng Qur’an daan-daang mga taon na ang nakalilipas.
2- Ang mga halaman ay magkapares
“Siya ang nag-unat ng lupa at naglagay dito ng matatag na mga bundok at mga ilog. At sa lahat ng mga bunga, Siya ay naglagay dito ng dalawang pares at iginuhit ang tabing ng gabi sa araw. Katiyakan, sa mga ito ay mayroong mga palatandaan para sa isang bansang nag-iisip.” (Talata 3 ng Surah Ar-Raad)
Natagpuan ng Swedish na botanista na si Carl von Linné (1707-1778) noong ika-18 siglo na ang pagiging magkapares ay halos unibersal na tuntunin sa mundo ng mga halaman habang ang Qur’an ay itinampok ang katotohanang ito ilang ,mga siglo na ang nakalilipas.