نام مبارك امام پنجم محمد و لقب آن حضرت باقر(ع) يا باقرالعلوم است بدين جهت كه، دريای دانش را شكافت و اسرار علوم را آشكارا ساخت، حضرت باقر(ع) احياكننده سنن اسلامی هستند. القاب ديگری مانند شاكر، صابر و هادی نيز برای آن حضرت ذكر كردهاند كه هريك باز گوينده صفتی از صفات آن امام بزرگوار بوده است. كنيه ايشان ابوجعفر و مادرش فاطمه دختر امام حسن مجتبی(ع) است؛ بنابراين نسبت آن حضرت از طرف مادر به سبط اكبر حضرت امام حسن(ع) و از سوی پدر به امام حسين(ع) میرسيد.
امام باقر(ع) داراى خصال ستوده و مؤدب به آداب اسلامى بود، سيرت و صورتش ستوده پيوسته لباس تميز و نو میپوشيد و در كمال وقار و شكوه حركت میفرمود.
امام پنجم(ع) بسيار گشادهرو و با مؤمنان و دوستان خويش برخورد بود، با همه اصحاب مصافحه ميكرد و ديگران را نيز بدين كار تشويق میفرمود .امام باقر(ع) در صدقات و بخشش و آداب اسلامى مانند دستگيرى از نيازمندان و تشييع جنازه مؤمنين، عيادت از بيماران، رعايت ادب و آداب و سنن دينى كمال مواظبت را داشت، در روزهاى گرم براى رسيدگى به مزارع و نخلستانها بيرون میرفت و با كارگران و كشاورزان بيل میزد و زمين را براى كشت آماده میساخت.
آنچه از محصول كشاورزى كه با عرق جبين و كد يمين بهدست میآورد در راه خدا انفاق میفرمود. بامداد كه براى اداى نماز به مسجد جدش رسولالله(ص) میرفت، پس از گزاردن فريضه، مردم گرداگردش جمع میشدند و از انوار دانش و فضيلت او بهرهمند میگشتند.
در دوره امامت امام محمد باقر(ع) و فرزندش امام جعفرصادق(ع) مسائلى مانند انقراض امويان و بر سر كار آمدن عباسيان، پيدا شدن مشاجرات سياسى، ظهور سرداران و مدعيانى مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراسانى و ديگران مطرح است، ترجمه كتابهاى فلسفى و مجادلات كلامى در اين دوره پيش میآيد و عدهاى از مشايخ صوفيه و زاهدان و قلندران وابسته به دستگاه خلافت پيدا میشوند.
قاضیها و متكلمانى به دلخواه مقامات رسمى و صاحب قدرت پديد میآيند، فقه، قضاء، عقايد، كلام و اخلاق را بر طبق مصالح مراكز قدرت خلافت شرح و تفسير مینمايند و تعليمات قرآنى ـ بهويژه مسئله امامت و ولايت را ـ كه پس از واقعه عاشورا و حماسه كربلا، افكار بسيارى از حقطلبان را به حقانيت آلعلى(ع) متوجه كرده بود و پرده از چهره زشت ستمكاران اموى و دين به دنيا فروشان برگرفته بود، به انحراف میكشاندند و احاديث نبوى را دربوته فراموشى قرار میدادند. برخى نيز احاديثى به نفع دستگاه حاكم جعل كرده و يا مشغول جعل بودند و يا آنها را به سود ستمكاران غاصب خلافت دگرگون میکردند.
بدين جهت امام محمد باقر(ع) و پس از وى امام جعفر صادق(ع) از موقعيت مساعد روزگار سياسى براى نشر تعليمات اصيل اسلامى و معارف حقه بهره جستند و دانشگاه تشيع و علوم اسلامى را پايهريزى ساختند، زيرا اين امامان بزرگوار و بعد شاگردانشان وارثان و نگهبانان حقيقى تعليمات پيامبر(ص) و ناموس و قانون عدالت بودند و باید به تربيت شاگردانى عالم و عامل و يارانى شايسته و فداكار دست يازند و فقه آل محمد(ص) را جمع و تدوين و تدريس كنند، به همين جهت محضر امام باقر(ع) مركز علماء و دانشمندان، راويان حديث، خطيبان و شاعران بنام بود.
مدت بيست سال معاويه در شام و كارگزارانش در مرزهاى ديگر اسلامى درواژگون جلوهدادن حقايق اسلامى ـ با زور و زر و تزوير و اجير كردن عالمان خودفروخته ـ كوشش بسيار كردند. ناچار حضرت سجاد(ع) و فرزند ارجمندش امام محمدباقر(ع) پس از واقعه جانگداز كربلا و ستمهاى بیسابقه آلابوسفيان كه مردم به حقانيت اهل بيت عصمت(ع) توجه كردند، در اصلاح عقايد مردم بهويژه در مسئله امامت و رهبرى كه تنها شايسته امام معصوم است سعى بليغ كردند و معارف حقه اسلامى را در جهات مختلف به مردم تعليم دادند تا كار نشر فقه و احكام اسلام به جایى رسيد كه فرزند گراميشان حضرت امام جعفر صادق(ع) دانشگاهى با چهار هزار شاگرد پايهگذارى فرمود.
امام سجاد(ع) با زبان دعا و مناجات و يادآورى از مظالم اموى و امر به معروف و نهى از منكر و امام باقر(ع) با تشكيل حلقههاى درس، زمينه اين امر مهم را فراهم ساخت و مسائل لازم دينى را براى مردم روشن فرمود.
آنچه مسلم است اين است كه امام باقر(ع) با طرح مرموز و مخفيانه هشام بن عبدالملك، مسموم شدند و به شهادت رسيدند، ولی عامل و چگونگی آن به روشنی مشخص نيست.
بعضی مینويسند ابراهيم بن وليد آن حضرت را مسموم كرد و بعضی مینويسند زيد بن حسن به دستور هشام زهر را به زين اسب ماليد و اسب را به حضور امام باقر(ع) آورد و اصرار كرد كه آن حضرت(ع) بر آن سوار گردد، آن حضرت ناگزير بر آن سوار شد و آن زهر در بدن او اثر به ی كه رانهايش متورم شد و سه روز به سختی در بستر بيماری افتاد و سرانجام به شهادت رسيد.