نام این كیسا الهام گرفته از نام «استپانوس» شهید اول راه مسیحیت است و معماری خاص و شگفتانگیز این بنای تاریخی حكایت از احداث آن در بین قرنهای چهارم تا ششم هجری دارد.
سبک معماری این كلیسا نیز آمیزهای از شیوه معماری «اورارتو»، «اشكانی»، «یونانی» و «رومی» است كه درباره تاریخ بنای آن مطالب مختلفی نقل شده است.عدهای تاریخ بنای این كلیسا را نخستین سدههای مسیحیت و عدهای نیز زمان آن را به اواسط سلطنت صفویه نسبت دادهاند.
امروزه كلیسای سنت استپانوس یكی از كلیساهای مورد علاقه و مقدس مسیحیان جهان بهشمار میرود كه هرساله بهویژه تیرماه تعداد بسیاری از مسیحیان از اقصی نقاط جهان برای انجام آیین ویژه در این محل حضور مییابند.
بنای كلیسای سنت استپانوس از سه قسمت اصلی برج ناقوس، نمازخانه و اجاق دانیال تشكیل شده كه هر كدام گواه تاریخ این سرزمین است. حجاری پایهها و طاق نماها و تزیینات طاق سر به قدری بدیع است كه بیشک از شاهكارهای هنری حجاری ایران به حساب میآید.
كتیبهای از سنگ به خط نستعلیق بر بالای درب ورودی و زیر طاق مدخل كلیسا به چشم میخورد كه تاریخ آن به سال 1245 قمری اشاره دارد. متن كتیبه توسط عباس میرزا نایب السلطنه فرزند فتحعلی شاه از محب علی بیگ نخجوانی خریداری شده و وقف كلیسا شده است.
فضای داخل كلیسا بهصورت صلیب و از سه قسمت شامل ایوان، نمازخانه و محراب تشكیل شده و شیوه نقاشیهای مذهبی در قرون 16 و 17 میلادی بر آن نقش دارد. صدها سنگنوشته به زبان ارمنی در داخل و خارج كلیسا نصب شده كه با ترجمه آنها به زبان فارسی میتوان بهنام كلیسا، معمار، تاریخ بنای كلیسا و حتی بخشهایی از تاریخ اقوامی كه در این سرزمین میزیستند پی برد.
در سالهای اخیر فعالیت های بسیاری برای مرمت این بنا انجام شده كه از آن جمله میتوان به تعمیر و نصب ناقوس كلیسا و مرمت و بهسازی راه ارتباطی توسط سازمان منطقه آزاد ارس در سال گذشته اشاره كرد.
در كنار این اثر تاریخی كه در سالهای گذشته در فهرست آثار یونسكو ثبت جهانی شده، اماكن مذهبی و گردشگری همانند برج دوزال، حمام تاریخی كردشت، روستای اشتبین، امامزاده سید محمد آقا نوجه مهر و آبشار تاریخی آسیاب خود نمایی كرده و هر ساله میزبان خیل عظیم گردشگر داخلی و خارجی است.