این مؤسسه در سال 1388 با کسب مجوز از وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی فعالیت‌های آموزش، ترویجی و تبلیغی خود را آغاز کرد.
مؤسسه در اهداف بلندمدت خود، تربیت نیروهای قرآنی، ترویج قرآن و انس هرچه بیشتر مردم با این کتاب الهی را در دستور قرار داده است.
از آنجایی که مؤسسه جامعة‌الثقلین اراک در زمینه برپایی دوره‌های حفظ فعال است، دوره‌های حفظ تخصصی، روخوانی، روان‌خوانی را برای شکوفه‌های(9 تا18) سال این مرکز در نظر گرفته است که برای ترم تابستان اجرا خواهد شد.
این مؤسسه دوره‌های دیگری نیز مانند برپایی دوره تدبر در قرآن، طب سنتی، آئین همسرداری و ... را در کنار دوره‌های قرآنی قرار داده است.
برپایی دوره‌هایی برای خردسالان که شامل کلاس خلاقیت، شیوه آموزشی، روخوانی، آشنایی با الفبای و ... است نیز برای خردسالان 3 تا 4 برپا می‌شود.