بحث توزیع بودجه‌های قرآنی از پرحاشیه‌‌ترین مسائل مدیریت فعالیت‌های قرآنی كشور بوده است. یكی از مباحث مورد اعتراض، نحوه عملكرد وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی در توزیع بودجه‌های قرآنی است كه این موضوع بارها در جلسات شورای توسعه فرهنگ قرآنی به ویژه در استان‌ها مطرح شده و وزارت ارشاد نیز بارها پاسخ‌هایی داده است. در این میان مؤسساتی به عنوان مؤسسه معین، مبالغی از بودجه‌ها را به صورت امانی برای امور دیگر، به جز آنچه برای هزینه‌کرد آن مبلغ تعیین شده است، نگهداری می‌کنند که شفافیتی از میزان و محل هزینه‌کرد آن منتشر نمی‌شود؛ این موضوع نیز محل مناقشه است.