ملامحمد اشرفی در خانواده‌ای مذهبی و در شهرستان بهشهر چشم به جهان گشود. او تحصیلات مقدماتی را در بهشهر گذراند و پس از چندی به بابل عزیمت و از محضر سعید العلمای مازندرانی بهره برد و آنگاه به اصفهان رفت و به مدت چهارسال کسب علم و معرفت کرد. ملامحمد پس از اصفهان جهت نیل به مقامات عالی در علم و استفاده از انفاس قدسی عارفان در عتبات و عالیات، دوره دم زندگی خود در عراق را آغاز و از اصفهان راه عراق را در پیش گرفت و وارد سامرا شد و مدتی از محضر آیت‌الله سیدمحمد شیرازی بهره‌مند شد. سپس در نجف و در مجاورت حرم مقدس حضرت علی ابن ابیطالب(ع) در مجلس درس خاتم الفقهاء شیخ مرتضی انصاری صاحب جواهر حاضر شد و پس از مدتی خود به‌عنوان یکی از چهره‌های برجسته در علم حدیث، حکمت، تفسیر، کلام، فقه و اصول در حوزه علمیه نجف شناخته شد.
این عالم در 21 سالگی به مقام مرجعیت نایل آمد. او مدتی پس از سال‌ها اقامت در نجف اشرف به پیشنهاد میرزای شیرازی برای تبلیغ دین به مازندران برگشت. اشرفی علاوه بر تدریس و تربیت شاگردان در مسجد جامع بابل اقامه نماز می‌کرد و آرام آرام مرجعیت او نیز رونق گرفته و گروه‌های مختلف برای استفاده از محضر پرفیض او در شهرستان بابل اقامت می‌کردند. ملامحمد اشرفی مازندرانی سرانجام در 95 سالگی چشم از جهان فروبست. در واقع با درگذشت وی، مازندران یکی از شخصیت‌های علمی و معنوی خود را از دست داد.