شیخ ملا محمدعلی قاینی، سال ۱۳۱۰ قمری در قاین متولد شد. مقدمات را در قاین فرا گرفت و برای یادگیری سطوح به مشهد رفت. او در حوزه‌های نجف از محضر میرزاحسین نایینی، شیخ محمدحسین کمپانی اصفهانی، شیخ ضیاءالدین عراقی و میرزا آقا اصطهباناتی بهره برد و از آن بزرگان اجازه اجتهاد گرفت.
سال‌های ۱۳۴۱ و ۴۲ به ایران بازگشت و در قم از محضر حاج شیخ عبدالکریم حائری استفاده برد. او طی مدتی که در قم اقامت داشت به تدریس پرداخت و شاگردان بزرگی چون سیدمهدی روحانی، صافی اصفهانی و فرزندش شیخ محمد حسین را تربیت کرد. او به درخواست آیت‌الله بروجردی به تهران رفت و در مسجد مهدیه اقامت جماعت و در مدرسه خان مروی تدریس کرد.
در زمان استادش حاج شیخ عبدالکریم از مدرسان به‌شمار می‌آمد و درمدرسه حاج ملاصادق تدریس می‌کرد و با آیت‌الله العظمی حاج سیداحمدخوانساری و آیت‌الله العظمی حاج شیخ محمدعلی اراکی هم مباحثه بود. این عالم بزرگوار سرانجام ۱۴۰۱ قمری در تهران درگذشت و در مقبره جوار مسجد مهدیه دفن شد.