وی همزمان با تحصیل در دانشگاه با همکاری جمعی از دوستان خود توانست جهاد گروه پزشکی را در دانشگاه علوم پزشکی ایران تأسیس کند. این گروه هسته اولیه جهاددانشگاهی علوم پزشکی ایران بود که در ۱۳۶۵ خورشیدی شکل گرفت و در ۱۳۷۱ خورشیدی کاظمی‌آشتیانی به عنوان ریاست جهاددانشگاهی واحد علوم پزشکی ایران انتخاب شد که این مسئولیت را تا زمان شهادت برعهده داشت. این دانشمند برجسته با هوش سرشار و توان مدیریتی بالا خیلی زود توانست مراکز درمانی متعددی تأسیس و گروه‌های مختلف پژوهشی را راه‌اندازی کند که در آن میان پژوهشکده رویان جهاددانشگاهی یکی از مهم‌ترین این مراکز بود. این مؤسسه در خرداد ۱۳۷۰ خورشیدی با مدیریت کاظمی فعالیت خود را آغاز کرد و تا امروز هزاران زوج نابارور با بهره‌مندی از خدمات این مرکز پیشرفته درمان ناباروری، صاحب فرزند شده‌اند.
زنده‌یاد کاظمی‌آشتیانی توانست با این اقدامات، جمع بسیار ارزشمند و فرهیخته‌ای از صاحب‌نظران و نام‌آوران رشته‌های مربوط را به وجود آورد و با دانش فراوان خود به موفقیت‌های چشمگیری در حوزه گسترش روش‌های پیشرفته درمان ناباروری، تولید و تکثیر و انجماد سلول‌های بنیادی جنینی و همانندسازی (کلونینیگ) حیوانات دست یابد و نام ایران را در عرصه‌های بین‌المللی با ثبت این پیشرفت‌ها پرآوازه کند. وی علاوه بر تأسیس مؤسسات تحقیقاتی در فعالیت‌های علمی حضور پررنگی داشت. چاپ ده‌ها مقاله در مجلات علمی داخلی و بین‌المللی، انجام چندین طرح تحقیقاتی ملی، تدریس در دانشکده‌ها، نگارش کتاب، راه‌اندازی گروه‌های پژوهشی در شاخه‌های مختلف علوم پزشکی، برگزاری چند دوره جشنواره بین‌المللی رویان، داوری جشنواره‌های علمی و سردبیری مجله علمی پژوهشی یاخته از این جمله این فعالیت‌های ارزنده وی بودند.
به دلیل کشفیات حیرت انگیز وی در زمینه پیشرفت علم و به دلیل تلاش‌های فراوان در زمینه تحقیقات سلول‌های بنیادی جنینی در ۱۳۸۳ خورشیدی از او به‌عنوان یکی از چهره‌های ماندگار کشور تقدیر شد. همچنین در همین سال از او به عنوان یکی از تأثیرگذارترین دانشمندان خاورمیانه که با توسعه دانش سلول‌های بنیادی، دست برتر علمی را برای ایران ایجاد کرده، سبب شد تا نامش در فهرست ترور موساد قرار گیرد. به همین دلیل بسیاری بر این باور هستند که وی توسط موساد «ترور بیولوژیک» شده است. سرانجام این دانشمند نابغه در نیمه نخستین ماه فصل زمستان ۱۳۸۴خورشیدی بعد از سال‌ها خدمت به جامعه علمی ایران با اینکه تنها ۴۴ سال داشت، دیده از جهان فروبست.