دکتر سیدمحسن میرباقری، مفسر قرآن کریم در قسمت پانزدهم از مجموعه درس‌گفتار «نمی از باران» درباره باطن قرآن کریم می‌گوید: ابتدا به باطن قرآن می‌پردازیم. درباره باطن قرآن بحث‌های زیادی مطرح شده و اصلا فرقه‌ای به نام باطنیه در تاریخ پدیدار شد که پیروان آن به ظواهر آیات توجه لازم را نداشتند و به سراغ معانی دومی از قرآن می‌رفتند که به نظر ایشان می‌رسید.
این افراد گاهی اوقات از عبارات توهین‌آمیز نیز در رابطه با قرآن کریم استفاده کرده‌اند. (ما ز قرآن مغز را برداشتیم / پوست را بهر خران بگذاشتیم!) با این حساب این افراد از ظاهر عبور کرده و به بیان معانی دیگری از عبارات قرآن که ظاهر آیات بدان‌ها دلالت نداشت، می‌پرداختند.
در معانی که برای باطن قرآن آمده می‌توان به تأویل، انطباق، روح و حقیقتی که الفاظ مثالی از آن است، سرّ و مراد الله، مراد از خطاب و .. اشاره کرد. در یک معنا نیز باطن به معنای لطایف و حقایقی که از تدبر در متن حاصل می‌شود، آمده است.
یک نظر درباره باطن این است که زمانی که به آیات الهی می‌نگریم، یک معنی اولیه‌ای از آن‌ها می‌فهمیم و سپس، در این آیات تدبر کرده و آن‌ها را با آیات دیگر کنار هم قرار می‌دهیم و از این مسیر مفهوم جدیدی در ذهن ما شکل می‌گیرد.