قدمت مسجد جامع گناباد با توجه به کاوش‌ها و بررسی‌های مورخان به قرن ۶ هجری قمری بازمی‌گردد. وجود کتیبه‌های موجود و باقیمانده در فضای این مسجد گواهی بر این موضوع است و معروف‌ترین کتیبه بر روی ایوان جنوبی با خط کوفی، جمله «لا اله الا الله محمد رسول الله» و نام سازنده آن بوده است. این مسجد در سال ۱۳۵۳ مرمت و بازسازی شد و در حال حاضر ۶۰ درصد مسجد بازسازی شده است. محوطه این مسجد در قدیم چندین شبستان داشته و یک حوض بزرگ میان صحن مسجد و در یکی از شبستان‌ها نقش نوشته‌های قرآنی روی سقف آن نقش بسته بوده است.
