به نوشته وبگاه خبری تحلیلی «لوب‌لاگ» در ویدئویی تازه منتشر شده از فلین، صحبت‌هایی از او ضبط شده که بدین شرح است: «هزار سال قبل، جهان عرب می‌توانست تمام جوایز نوبل را برنده شود، سپس این مرد، محمد، وارد عرصه شد. صادقانه بگویم، ما با متنی (قرآن) باستانی سر و کار داریم که (امروزه) کمک کننده نیست و جامعه‌ای که بر اساس آن متن زندگی می‌کنند. این جامعه (مسلمانان) نمی‌تواند به مدرنیته دست یابد و (جامعه‌ای) مدرن شود.»
وی اغلب خواستار تغییرات و تحریف اسلام شده و در ادعاهایش صراحتا چهره شاخص اسلام و آموزه‌های آن را مانعی برای پیشرفت در خاورمیانه می‌داند.
گزینه مشاور امنیت ملی ترامپ قوانین و احکام اسلامی (شریعت) را خطری برای قوانین آمریکایی دانسته و می‌گوید: «آن‌ها (مسلمانان) می‌خواهند سیستم جهانی را بر مبنای دیدگاه شریعت که مانع آزادی عقیده، انتخاب و دیگر آزادی‌هاست، تحمیل کنند... شریعت یک قانون خشن است که در اعتقادات وحشیانه دفن شده است.»
روز گذشته ۵۳ گروه حقوقی طی نامه‌ای از ترامپ خواستند فلین را به عنوان
مشاور امنیت ملی منصوب نکند زیرا او «جاه طلب» بوده و تعیین او به این سمت،
به جایگاه آمریکا در جهان آسیب خواهد زد.
این ژنرال بازنشسته در کتابش تحت عنوان «زمین نبرد: چگونه می‌توانیم جنگ جهانی علیه اسلام افراطی و متحدانش را پیروز شویم» اظهارات ضدایرانی نیز داشته و ادعا می‌کند: «شاهد ائتلاف فعالی هستیم که از کره‌شمالی و چین به روسیه، ایران، سوریه، کوبا، بولیوی، ونزوئلا و نیکاراگوئه کشیده است.»