وی افزود: عقل در مورد شناخت ذات خدا و کیفیت ظهور قیامت کبری، راهی ندارد ولی خداوند می‌فرماید تا جایی که در فهم بشر می‌گنجد با لفظ این مسایل را برای شما بازگو کرده‌ایم؛ در وحی نیز طوری است که جبرئیل نمی‌تواند میان پیامبر و خدا قرار گیرد زیرا این ملائکه حاملان عرش هستند و با مقام بلاواسطه فاصله زیادی دارند.
آیت‌الله جوادی آملی بیان کرد: اگر کسی مرتضوی نبود مرتضی‌المذهب نیست و کسانی که مرتضی‌المذهب نباشند هم شفاعتی در مورد آنان صورت نخواهد گرفت چه رسد به اینکه کسی از بت‌ها که دردی برای خود دوا نمی‌کنند شفاعت بخواهد.
این مفسر قرآن اظهار کرد: دین مورد پسند خدا، دین اهل‌بیت(ع) است ولی دست خدا در عفو برخی افراد بسته نیست، خیلی از کفار هستند که به اسلام دسترسی ندارند و اسلام به آنان نرسیده و از اسلام فقط لا اله الا الله را شنیده‌اند.
این مفسر گفت: این افراد در شرایطی به سر می‌برند که اجازه نمی‌دهند از اسلام چیزی یاد بگیرند لذا نمی‌توانیم بگوییم چون اهل‌بیتی نیستند خدا آنان را شفاعت نخواهد کرد ولی اگر کسی بخواهد شفیع باشد خدا باید اذن داده و مشفوع‌له نیز باید مرتضی‌المذهب باشد.
آیت‌الله جوادی آملی با بیان اینکه حرکت جاهلیت بر مبنای جهل و کنار گذاشتن علم است تاکید کرد: نفس کشیدن انسان نیز باید عاقلانه باشد و در محیط علم زندگی کند و تا نفس می‌کشد عاقلانه و عالمانه زندگی کند وگرنه اداره جامعه با سوء ظن و گمانه‌زنی نظام جاهلی خواهد شد.
وی خطاب به دانشمندان غربی افزود: شما که این همه دقائق علمی را کشف کرده‌اید چرا گرفتار خرافات شده‌اید، کسی که همه علمش از روی حس و تجربه حسی است و تا چیزی را نبیند و تجربه نکند نمی‌پذیرد فکر اسرائیلی دارد؛ همه این خرافات در عالم بشریت برای این است که این‌ها از اسرار عالم خبر ندارند و نمی‌دانند این عالم در مقابل عالم ابدی قطره‌ای بیش نیست.